秦始皇三十四年，博士齐人淳于越反对当时实行的“郡县制”，要求根据古制，分封子弟。丞相李斯加以驳斥，并主张禁止百姓以古非今，以私学诽谤朝政。
秦始皇采纳李斯的建议，下令焚烧《秦记》以外的列国史记，对不属于博士馆的私藏《诗》、《书》等也限期交出烧毁，有敢谈论《诗》、《书》的处死，以古非今的灭族，禁止私学，想学法令的人要以官吏为师。
再加上当时社会上百家争鸣，严重的阻碍了秦始皇对征服的原六国民众思想的统一，并威胁到了秦朝的统治。于是，秦始皇为了统一原六国人民的思想，于公元前213年开始销毁除《秦记》以外的所有史书，民间只允许留下关于医药、卜筮和种植的书。
第二年，诸生言语攻击秦始皇。秦始皇派人调查，将四百六十多人挖大坑活埋。历史上称这些事情为“焚书坑儒”。
秦始皇焚书坑儒的主要原因，其一是因为秦朝建立专制政治体系的需要，其二是因为一些儒生和游士引用儒家经典，借用古代圣贤的言论批评时政。
秦始皇在政治、经济上实行的改革，并不是一帆风顺的。还在统一之初，就在要不要分封诸子为王的问题上发生了一场争论。以丞相王绾为首的一批官吏，请求秦始皇将诸子分封于占领不久的燕、齐、楚故地为王。认为这样有利于巩固秦的统治。但廷尉李斯则坚持反对态度。认为，春秋战国诸侯之所以纷争，完全是西周分封制造成的恶果。只有废除分封制，才可免除祸乱。
秦始皇采纳了李斯的意见，认为立封国，就是树敌兵。于是在全国确立了郡县制。
事隔八年之后，到始皇三十四年，在秦始皇于咸阳宫举行的宫廷大宴上，又发生了一场师古还是师今的争论，焚书之举正是由此引发的。
在宴会上，仆射周青臣，面腴秦始皇，吹捧他自上古不及陛下威德，博士淳于越针对周青臣的腴词提出了恢复分封制的主张。
他说：“臣闻殷周之王千余岁，封子弟功臣，自为辅枝。今陛下有海内，而子弟为匹夫，卒有田常、六卿之臣，无辅拂，何以相救哉？事不师古而能长久者，非所闻也。今青臣又面腴，以重陛下之过，非忠臣。”
秦始皇听后不动声色，把淳于越的建议交给群臣讨论。丞相李斯明确表示不同意淳于越的观点。
他反驳说：“三代之争，何可法也，儒生不师今而学古，道古以害今，如不加以禁止，则主势降乎上，党与成乎下，统一可能遭到破坏。”
为了别黑白而定一尊，树立君权的绝对权威，他向秦始皇提出焚毁古书的三条建议：除《秦纪》、医药、卜筮、农家经典、诸子和其他历史古籍，一律限期交官府销毁。令下三十日后不交的，处以鲸刑并罚苦役四年，谈论《诗》、《书》者处死，以古非今者灭族，官吏见知不举者，与同罪，有愿习法令者，以吏为师。
秦始皇批准了李斯的建议，在宴会散后第二天，就在全国各地点燃了焚书之火。不到30天时间，中国秦代以前的古典文献，都化为灰烬。留下来的只有皇家图书馆内的一套藏书。
焚书事件的第二年，就有儒生诽谤秦始皇天性刚戾自用，专任狱吏，事情无论大小，都由他一人决断，贪于权势等等。
秦始皇听后，盛怒不可抑止，以妖言以乱黔首的罪名，下令进行追查，并亲自圈定460余人活埋于咸阳。
“焚书坑儒”一直是秦始皇残酷暴戾的证据，被后世天下学人唾骂了两千多年，以至于后世人一想到这个历史事件，仍然耿耿于怀，恨不能掘墓鞭尸，恨不能穿透两千多年的时空，对秦始皇敲骨吸髓。
这种仇恨实际上是后来的文人们潜意识里面的集体恐惧，是一代代传承下来的。从感情上来说，杜睿也觉得秦始皇焚书坑儒的手段过于激烈，对当时的儒生们的确是太过残酷，他完全可以采取更缓和的一些方法。不过如果要评价一个历史事件，最好从该事件产生的效果来评价，而不要采用道德或者感情的标准。那么焚书坑儒的历史效果是什么呢？杜睿始终都认为通过这件事情之后，造就了中华民族大一统的历史格局。
焚书坑儒的实质其实是统一思想的运动。当年秦始皇统一六国之后，在政治结构上，废除了分封制，在全国范围内施行郡县制；在文化上，统一了文字，以小篆为标准的官用文字；在经济领域内，统一货币，统一度量衡。这些措施都是国家大一统的基本要素，是国家能够控制的要素。
些东西是国家强力结构很难驾驭的，特别是在秦朝初年，战国时期刚结束，百家仍然在争鸣中，思想领域内极度混乱，而一个国家能在多大程度上统一，最主要的条件是能在多大程度上形成共同的价值观，而思想混乱是形成共同价值观的大敌。
因此，光在政治、经济、文化等方面有大一统措施还不行，最关键最长远的统一要素，是思想的统一，形成统一的核心价值观念，才能让政治、经济、文化等领域内的统一措施有效。
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